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168期在线课堂|动植物基因组组装工具和策略介绍

来源: 安诺基因   2019-7-30   访问量:1162评论(0)

随着测序平台的不断革新与发展,测序通量不断提升,测序价格也随之下跌,越来越多的未知物种基因组序列被研究者破译解码。对于基础研究来说,高质量的参考基因组就像基石,基石的质量决定建筑高度,也直接影响文章发表的level。那么如何制定完备的组装策略?如何打造高质量的参考基因组?别急,本期在线交流我们将邀请高级信息分析工程师全力为大家解答~


PacBio三代测序技术以其超长读长、无GC偏好性、高一致性准确度以及可灵活选择的CLR和CCS两种测序模式等优势深受广大科研工作者的青睐。同时,三代测序技术能够弥补二代测序技术在基因组组装应用中reads短、组装难度大、无法跨越重复序列区域等局限。PacBio三代测序技术已经成为基因组组装的金标准,已发表包含小麦、甘蔗、藜麦、山羊、蝾螈在内的多篇高分基因组文章。

今年5月,安诺优达首批引进2台PacBio Sequel II测序平台,目前已实现稳定运行,交付项目数十个,完成了基于Sequel II平台的多个基因组建库、测序、组装分析。本期在线课堂,我们将一起分享最新的数据进展。

欲知基因组组装更多精彩内容,安诺基因在线交流平台将为您一一解答,本周三下午15:00,我们在线上等你~

 

本期交流


交流时间:2019年7月31日,15:00-16:00

交流主题:动植物基因组组装工具和策略介绍

交流内容:

  • De novo测序平台和技术发展背景介绍

  • 常用基因组组装工具介绍(Canu、WTDBG、Falcon等)

  • 高质量的参考基因组组装策略

  • Sequel II实测数据展示和组装案例

交流平台:安诺基因生物信息交流QQ 1群及2群(475638865)同步交流

交流形式:视频/语音实时交流

主持人:三代测序产品经理

主讲人:高级信息分析工程师

注:新入群的老师请务必备注姓名和工作单位

 

自2017年推出三代测序服务以来,安诺优达先后引进了10台PacBio Sequel和2台Sequel II测序仪,产品服务类型涵盖三代基因组组装、人重测序、动植物重测序、全长转录组测序等;累计完成三代项目超800+,其中组装经验涉及中草药、林木、农作物、海洋生物、哺乳动物、昆虫和人等。日前,安诺优达宣布启动了ATCG(Annoroad Typical Chinese Genomes Database)数据库二期计划,旨在建立“二代+三代”中国人群基因组数据库,助力挖掘中国人群特有的可靠变异,进一步推动三代测序在中国人群健康研究中的应用。



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